ในปีพุทธศักราช 2129 พระองค์จึงทรงยกทัพใหญ่เป็นทัพกษัตริย์ไพร่พลกว่า 2 แสนข้ามแดนเข้าตีกรุงศรีอยุธยาหมายชิงคืนเป็นประเทศราช ครั้งนั้นสมเด็จพระนเรศทรงใช้พระนครเป็นยุทธภูมิรับศึก และวางยุทธศาสตร์ตั้งรับในเชิงรุก คือมิทรงปล่อยให้ทัพหงสาที่ล้อมกรุงเป็นฝ่ายรุกรบแต่ฝ่ายเดียว แต่ทรงแต่งกองโจรบุกปล้นค่ายศัตรูให้ต้องตกเป็นฝ่ายรับจนมิอาจรุกเข้าเหยียบถึงคูพระนคร เมื่อล้อมกรุงนานเข้า ทัพหงสาวดีก็ขาดเสบียง สมเด็จพระนเรศก็ทรงนำเรือปืนขึ้นไปยิงถล่มค่ายหลวงพระเจ้านันทบุเรงจนพม่าแตกระส่ำระสาย จอมทัพพม่าบาดเจ็บสาหัสถึงกับเสียพระสิริโฉมและทุพพลภาพ พม่าต้องถอนทัพกลับหงสาวดี และขณะเมื่อค่ายหลวงพม่าแตกนั้น “แม่นางเลอขิ่น” ก็ได้ช่องช่วย “พระราชมนู” จากพันธนาการคืนเข้าอยุธยาได้